«Un hereje puede ver la verdad y buscar la redención. Puede olvidarse su pasado y será absuelto con la muerte. Sin embargo, un Traidor nunca debe ser perdonado. Un Traidor nunca hallará la paz en este mundo ni en el siguiente. No hay nada en este mundo tan miserable y odioso como un Traidor.»
Cardenal Khrysdam – Instructum Absolutio
Aunque la Guardia Imperial y los Marines Espaciales son las principales fuerzas de combate del Imperio, no son las únicas tropas humanas que van a la guerra. Muchas veces les acompañan representantes de otras organizaciones del Imperio, desde los humildes escribas y codificadores del Administratum, hasta los todopoderosos miembros de la Inquisición. La mayoría de estos agentes Imperiales pocas veces entran en combate, si es que llegan a hacerlo alguna vez, pero algunos sí lo hacen.
Entre las organizaciones combatientes se cuentan especialmente las fuerzas inquisitoriales, destacando las del Ordo Malleus y su Ordo Militante, los Cazadores Grises, siempre alertas contra la corrupción del Caos; las del Ordo Hereticus y su Ordo Militante, las hermanas de batalla del Adeptus Sororitas, en guardia constante contra la corrupción interior del mutante y el hereje; y las del Ordo Xenos y su Ordo Militante, los Guardianes de la Muerte, siempre dispuestos a aniquilar la contaminación alienígena allá donde se encuentre.
Ordo Malleus
La mayor amenaza para el Imperio del Humanidad son, y han sido siempre, los seguidores del Caos y los malvados demonios de la disformidad. Los inquisidores del Ordo Malleus están en constante guerra con estas fuerzas y, junto con los Caballeros Grises, tienen el cometido de iluminar la oscuridad con la luz del Emperador. El poder de lo demoníaco es tan grande que solo estos heroicos guerreros tienen las habilidades y los conocimientos suficientes para enfrentarse a este enemigo
Ordo Hereticus
Nacido tras los estragos causados por la Era de la Apostasía, cuando el demente Señor Vandire sumió al Imperio en uno de los períodos más sangrientos de su ya de por sí sangrienta historia, el Ordo Hereticus es el guardián del futuro de la Humanidad. Junto con su cámara militante, el Adepta Sororitas (también conocido como las Hermanas de Batalla), el Ordo Hereticus da caza a la amenaza más insidiosa de la Humanidad, el enemigo interior: la brujería, la herejía y la mutación, y la destruye.